Desprotección del Fmoc en cada ciclo
En la estrategia Fmoc/tBu, la desprotección de cada ciclo se hace con una base; las tradicionales son la piperidina y la 4-metilpiperidina. En 2025, de Arruda Brasil y colaboradores retiraron el Fmoc con 2-aminoetanol y con 2-amino-2-metil-1-propanol y obtuvieron dos péptidos con alto rendimiento en un disolvente de menor impacto ambiental 2. Los reactivos clásicos de desprotección, el ácido trifluoroacético y la piperidina, favorecen reacciones secundarias como la formación de aspartimida y de dicetopiperazina 3.
Qué impurezas deja una desprotección incompleta
D'Hondt y colaboradores ordenaron las impurezas que nacen de este paso. Si el Fmoc no se retira por completo, esa cadena no recibe el siguiente aminoácido y aparece un péptido con un residuo de menos, una impureza por deleción, como la que deja un acoplamiento incompleto. La desprotección con base también puede racemizar residuos y formar impurezas diastereoméricas, y una desprotección incompleta de las cadenas laterales deja aductos del péptido con su protector 4.
Una deleción pesa un residuo menos y un aducto suma la masa del protector, así que la espectrometría de masas las distingue del compuesto; la HPLC las separa del pico principal y las reporta entre las sustancias relacionadas del certificado.